Bối cảnh ở thời điểm hiện đại được cho là xảy ra một năm sau các sự kiện ở phiên bản Black Flag và một nhân vật vô danh mới đã được mời về để khám phá các ký ức về Shay Patrick Cormac. Trong quá trình khám phá các chuỗi ký ức về Cormac - một sát thủ dòng đền hoạt động trong thời kì chiến tranh 7 năm thì máy chủ của hãng Abstergo bị hỏng và toàn bộ các cơ sở đều bị phong tỏa.Melanie Lemay đã thuê người chơi vô danh để tiếp tục khám phá các ký ức về Cormac nhằm khôi phục máy chủ và quét dọn toàn bộ hệ thống.

Shay Patrick Cormac là một thành viên mới của hội The Assassin dẫn đầu bởi Achilles Davenport. Achilles nhìn thấy tiềm năng ở con người Cormac tuy nhiên tính cách ngông cuồng cũng như không vâng lời của y làm Achilles cảm thấy mệt mỏi. Nhận thấy rằng nếu giao cho Cormac một trọng trách quan trọng hơn trong hội The Assassin thì tính cách bốc đồng của anh ta có thể sẽ giảm bớt, Achilles ra lệnh cho Cormac đi truy hồi một "tế bào" của hội Templar đã được mã hóa bên trong một báu vật cổ có chứa địa điểm của các mảnh táo Eden (pieces of Eden) - một trong các thành tựu của Nền Văn Minh Đầu Tiên (The First Civilization) và thuộc về Những Người Đến Trước (Those Who Came Before). Báu vật này được cho là đã bị lấy cắp từ tay hội The Assassin và đã gây ra một trận động đất ở Haiti. Được sự giúp đỡ của Benjamin Franklin, Cormac đã tìm thấy nơi cất giấu báu vật này và được ra lệnh đến Lisbon nhằm truy hồi báu vật về.

Tuy nhiên, Cormac bắt đầu nghi vấn về động cơ của hội The Assassin khi mà họ từ chối giao tranh với The Templar qua một cuộc đối thoại cũng như không hứng thú gì trong việc triệt hạ một chỉ huy The Templar - Lawrence Washington. Nghi vấn của Cormac đạt đến đỉnh điểm sau khi y truy hồi được báu vật thì đã gây ra một trận động đất khủng khiếp ở Lisbon và gián tiếp phá hủy toàn bộ thành phố. Cormac dần nhận ra rằng vụ việc động đất lần này có nhiều nét tương đồng với vụ động đất từng xảy ra ở Haiti và cảm thấy kinh hãi khi hội The Assassin quyết định truy hồi các mảnh táo địa đàng Eden còn lại (theo Cormac là sẽ tiếp tục gây ra thảm họa đối nhân loại). Shay Patrick Cormac ăn cướp lấy một bản viết tay hướng dẫn về địa điểm các mảnh táo và tẩu thoát trong khi hội The Assassin tung quân ra truy đuổi y. Cormac chạy đến bờ vực thì đã thà nhảy xuống tự sát còn hơn là để bản thảo rơi vào tay hội Sát Thủ, y bị Louis-Joseph Gaultier de La Vérendrye bắn sau lưng nhưng vẫn nhầm lần là bạn thân Liam đã làm chuyện này.

Cormac sau khi rớt từ vực cao đã được một con thuyền cứu vớt và đưa đến New York. Khi hồi phục, Cormac sử dụng các kĩ năng của hội The Assassin để loại trừ các băng đảng tội phạm ở New York. Hành động này của Cormac đã thu hút được sự chú ý của nhà cầm quyền thành phố George Monro - người về sau đã cho Cormac một cơ hội để cùng nhau tái xây dựng thành phố. Nhận được ân huệ từ Monro, Cormac giúp đỡ quân đội Anh Quốc trong các chiến dịch chống lại quân đội Pháp - The Assassin đang giúp đỡ. Monro về sau tự nhận mình là một thành viên của hội The Templar và mặc dù nghi ngờ lòng trung thành cũng như quá khứ từng là một sát thủ của Cormac nhưng ông vãn cho Cormac một cơ hội để gia nhập hội Hiệp Sỹ Dòng Đền. Nhân vật chính đồng ý nhưng không lâu sau đó Monro đã chết trong một cuộc tấn công vào pháo đài của quân đội Anh. Sau cái chết của Monro, Cormac được Haytham Kenway làm lễ nhậm chức và chính thức gia nhập hội The Templar (lúc bấy giờ Haytham Kenway đang là chủ hội The Templar ở Bắc Mỹ).

Cormac cho Haytham biết rằng các mảnh táo địa đàng Eden không phải là vũ khí mà là công cụ để gắn kết Trái Đất và y thề rằng sẽ ngăn chặn các đồng minh cũ của hồi truy hồi các mảnh táo nhằm tránh gây ra một thảm họa động đất khác. Cormac trên con đường ngăn chặn các đồng đội cũ đã giết hầu hết các thành viên của hội The Assassin, chỉ còn lại Achilles và Liam. Biết được thông tin là Achilles và Liam đang trên đường đến một ngôi đền của Những Người Đến Trước (Those Who Came Before) để truy hồi một mảnh táo Eden, Cormac và Haytham Kenway ngay lập tức đuổi theo. Ở trong ngôi đền, Haytham và Cormac đối mặt với Achilles và Liam nhưng vì muốn tránh một cuộc đổ máu nên Achilles đã vô tình khiến Liam phá vỡ mảnh táo Eden - gây ra một trận động đất lớn khác. Trong khi Haytham truy đuổi Achilles thì Cormac và Liam đánh nhau trong đền; cuối cùng Cormac giết chết người bạn tha cũ của mình. Cormac đến kịp lúc và xin Haytham tha cho Achilles cũng như thề rằng sẽ ngăn chặn mọi cố gắng của hội Sát Thủ nhằm truy hồi mảnh táo Eden. Haytham vẫn bắn vào hai chân Achilles nhằm khiến y tàn phế như một biên pháp để phòng ngừa.

Với việc làm tàn phế Achilles, Haytham đã gần như diệt trừ hoàn toàn chi nhánh của hội The Assassin tại khu vực Bắc Mỹ tuy nhiên Achilles đã kịp đưa bản thảo dùng để truy tìm các mảnh táo cho các thành viên của hội The Assassin và Cormac được giao nhiệm vụ phải truy tìm bản thảo này. Sau hơn 20 năm tìm kiếm, Cormac đến Versailles giết chết Charles Dorian - bố của Arno Dorian (nhân vật chính trong bản Unity). Cormac lấy lại bản thảo và châm biếm Charles Dorian rằng trong khi cách mạng ở Mỹ sẽ chấm dứt ảnh hưởng của hội The Templar ở khu vực Bắc Mỹ thì một cuộc cách mạng khác sẽ mang lại rất nhiều hi vọng cho hội (cách mạng Pháp).

Ở thời điểm hiện tại, người chơi hoàn thiện ký ức của Cormac. Dưới sự hướng dẫn của Otso Berg - một thủ lĩnh của hội The Templar có kinh nghiệm, các thành viên của tập đoàn Abstergo đã tải trí nhớ của Cormac lên hệ thống mạng của hội The Assassin nhằm tìm hiểu xem Achilles đã tiến gần đến việc hủy diệt Trái Đất như thế nào. Kết quả hiện ra ngay tức thì và điều này đã làm cho hệ thống mạng của hội The Assassin xáo trộn - trong bản Unity người chơi sẽ thấy hội Sát Thủ trả đũa bằng cách hack vào hệ thống của Abstergo hủy hoại toàn bộ các mẫu vật của Những Người Đến Trước và làm một vài server bị hỏng hoàn toàn. Với công lao đã khám phá ra ký ức của Cormac, người chơi vô danh được tập đoàn Abstergo cho hai sự lựa chọn: một là chết và hai là tham gia đội ngũ Abstergo - The Templar thời hiện đại. Màn hình đen kịt trước khi người chơi vô danh đưa ra quyết định.